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史隽疫情观察|北京新冠病毒序列公布!

撰文 | 史隽

全球确诊人数  8242999

全球死亡人数   445535

(截至发稿时的最新数据 ,来源|WHO)

 

在4月21日的一篇日记《详解病毒基因序列追踪流调大法》里面,我曾经提到过病毒序列共享和Nextstrain这个计划。

 

一场流行病暴发以后,世界各国的科学家们都会测序新收集到的病毒样本。因为疫情紧急,很多科学家会把尚未发表的病毒基因序列上传到一些共享数据库 (例如GISAID),和全世界共享。

西雅图弗雷德·哈钦森癌症研究中心的Trevor Bedford等病毒进化专家团队组织了一个名为Nextstrain的项目。科学家们会尽快去把共享的病毒序列下载到Nextstrain的后台,将这些序列纳入全球传播地图,并在nextstrain.org上公布新冠病毒的基因组流行病学的最新信息,更新病毒家族树谱。

 

Nextstrain软件平台在过去几年逐步开发完善,曾应用于埃博拉、Zika和季节性流感等疫情,旨在让基因组流行病学在疫情期间尽快地发挥作用。今年它也在时刻更新新冠病毒的传播信息。

 

今天,Nextstrain的twitter公布了新的3条新冠病毒基因序列,均来自最近北京暴发的病毒样本。这3个样本采集于2020年6月11日,两个来自于感染者,一个是环境采样。由中国疾控中心病毒病预防控制所(NIVDC)快速测序并且在GISAID共享。

这3个序列落在一个进化簇中,该簇包含了很多来自欧洲的样本(图1,上下两幅),和2020年3月19-20日采样的3个输入北京的病毒的基因序列很不一样。

图1 全球新冠病毒家族树谱。上图以取样时间为横坐标,下图以突变的数目为横坐标。

在全球架构中,和这3个北京的序列最接近的序列来自捷克、中国台湾、希腊和葡萄牙(图2)。因为Nextstrain最近精简了数据库里的很多重复的序列,还不能确认北京的病毒到底来自什么地方。

 

图2

如果按地区分布看,在亚洲架构中(图3),北京的序列和来自捷克、中国台湾、丹麦、哥伦比亚、以色列和奥地利的序列很接近。

 

图3

在欧洲架构中(图4),北京的序列和来自捷克、丹麦等许多欧洲国家的序列很接近,其中和来自葡萄牙和瑞典的基因序列只相差1个突变

 

图4

因此从基因序列分析来看,北京最近传播的新冠病毒与欧洲流行的病毒有关。但是因为与许多国家/地区的序列类似,还无法定论它可能起源于何处,何时传入北京的。

 

最后,最重要的一点,北京的3个病毒基因序列虽然接近,但都不相同。样品 (1) 和样品 (2、3) 之间已经有两个突变 (图5)。其中第一步突变(A29694C)样品(2、3)都有,但是第二步突变是不一样的 (C12085T和A11910G)。这暗示了在暴发之前,新冠病毒可能已经在北京社区里默默传播了一段时间。因为新冠病毒的变异速度不算快,平均每月突变两次。如果是一个点 (新发地市场) 短时间内的暴发,病毒的基因序列很大可能是一样的。

 

图5

以前的日记里面也讲过 (详见《开棺验尸:各国到底何时起出现新冠病毒感染》),世界很多地区,例如美国的西雅图和纽约,法国巴黎等,新冠病毒都是在社区里默默地、不被人们所意识到地传播了1-2个月,才引起了全面的暴发。

 

 

参考文献

https://mobile.twitter.com/nextstrain/status/1273642115826880512

史隽,笔名“随心所欲的猫”,现居美国波士顿。本科毕业于清华大学生物科学与技术系,在美国获得博士学位后加入某跨国知名药企从事药物研发。十余年中,带领团队与糖尿病、肌肉萎缩症等作斗争,近年来着重于抗衰老药物的研究和开发。个人微信公众号“怡然随心”,与您聊医疗保健的那些事。

 

 

 



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